为了适应铁路跨越式发展的战略要求，贯彻铁道部关于"加快研究制定新的收入核算办法，停止收入调节制度，使铁路局收入结果显性化"的精神，2005年，铁路运输进款清算办法在以下方面进行主要调整：
   
    客运上缴的线路使用费单独清算。从2005年开始，将客运上缴的线路使用费从货网清算中拿出，直接清算给线路所属企业。
   
    货运清算不再调节。2005年的办法，一方面，由于将客运上缴的线路使用费拿出单独清算，从而使得货网的清算变为纯货运的清算；另一方面，对于货运的清算，各铁路局直接按照"管直"的方法清算，不再进行系数调节。
   
    将路网中分流运输的临管线纳入运营统一核算。从2005年起，将路网中分流运输的国铁临管线，纳入运营统一核算，运输支出的核算，将采取统一的政策\(包括折旧提足统一上缴等\)，不再分账核算。
   
    专业运输的运费收入全程归专业运输公司。2005年，将集装箱、特货运输的全程运费收入全部清算给集装箱公司、特货公司，而由集装箱公司、特货公司通过付费的方式给相关的运输企业支付服务费。
   
    改变跨铁路局机车牵引费单价的计算办法，完善机车长交路、轮乘制的清算办法。
   
    集装箱公司、特货公司收入清算变化，按照收支配比的原则，集装箱公司的营业收入，只归集其直管站的这几项收费，而将非集装箱公司直管站的这几项收费留在所在铁路局。
   
    将货运跨局机车牵引费清算等原由铁路局间清算的项目，改由通过资金清算中心清算。
   
    此前的清算办法中，货运跨铁路局机车交路、客运电力机车接触网\(含电费收入等几项付费收入是由铁路局之间相互进行工作量签认并办理资金结算的。
   
    作者：阎力斌
   
    铁路运输收入分配方法沿革
   
    清算单价。
   
    上个世纪80年代以来，铁道部为了能够消除运价的统一性与成本的多样性对各铁路局之间利润的影响，在运输企业之间试行了不同的"清算单价"的办法。
   
    双挂钩办法。上个世纪80年代后期，铁道部开始在运输企业内部合理分配运输进款。1987年，在原来"清算单价"的基础上，制定了"清算单价、收入分成、多超多得、调节平衡"的双挂钩清算办法，各铁路局的清算收入既与完成的换算周转量挂钩，又与运输进款直接挂钩。
   
    一路多制。在1987年，大部分铁路局试行"双挂钩"的办法时，还有3个铁路局开始试行"现收抵现支"的运输进款清算办法。
   
    管直方案。1994年，铁道部在全路运输企业实行"管内归己、直通清算"的清算办法。
   
    模拟区域运价清算办法。1997年，铁道部组织力量确定了各铁路局的标准成本，计算出各铁路局客货运模拟区域定价系数。1999年，新的清算办法形成，具体是"模拟区域运价、管内现收清算、直通作业清算、服务相互补偿"。